大正6年、大阪にコレラが発生、流行し、京都市内にも伝染の兆しが見えはじめ、当時はまだ、市立の衛生研究所が設立されていなかったため、京都府内の病原菌検索を実施するために京都大学、京都府立大学及び医師会によって、左京区岡崎に京都微生物研究所がつくられたのが始まりです。
　当研究所は、京都府内開業医家の唯一の病理試験ならびに研究室として、昭和20年の終戦まで業務が続けられました。
　昭和20年末に、山梨医学専門学校貴宝院秋雄教授が管理を受け継ぎ、京都府公認の伝染病原菌検索、臨床検査の実施機関として再出発し、ワクチン製造、細菌、血清等の検査を中心として逐次、血球、血液、寄生虫、尿化学検査、病理組織検査と内容の充実がはかられました。
　昭和32年、京都において最初の生化学的臨床検査を意図して、京都府立医科大学生化学・能勢善嗣教授の指導を受け、生化学的検査のルーチン化を開始しました。
　昭和39年5月、京都府、京都市の公衆衛生活動に寄与する業務が多いことから、社団法人の認可を受け、公益法人として運営されることになりました。この事業は、臨床検査部門・小酒井望／仁木偉瑳夫／冨田仁、病理組織部門・高松英雄、公衆衛生部門・貴宝院秋雄／大田黒猪一郎氏らを理事に専任し、その指導のもとに着実な発展を期しました。